Considerada por muchos por ser el lugar del mítico país isleño de la Atlántida, Santorini tiene una extensa e interesante historia, no siendo únicamente la catastrófica erupción volcánica que cambió para siempre la prehistoria Mediterránea.delos

En la Antigüedad, la isla estuvo sujeta a los diversos poderes que dominaron el Egeo. Pasó de la dependencia de la liga de Delos a la del reino ptolemaico de Egipto, Roma y finalmente el Imperio Bizantino. Desde 1204 y hasta 1579 estuvo bajo dominio de la república veneciana, hasta que pasando luego a dominio otomano. En 1840, con el Tratado de Londres, se incorporó a Grecia.

Entre 1628 y 1627 a. de C. la erupción del volcán terminó con una gigantesca explosión de caldera, del mismo tipo que la mucho más estudiada de Krakatoa (Indonesia) de 1883. Como efecto de la explosión la isla perdió buena parte de su superficie, y se puso en marcha un tsunami que asoló el Mediterráneo Oriental, provocando, entre otros efectos, una grave crisis de la civilización minoica de Creta. Parece que la población encontró tiempo suficiente para evacuar la isla, llevándose muchos de sus bienes muebles. Marinatos popularizó la idea de que la explosión prehistórica de Tera Santorini está en el origen del mito de la Atlántida.

La explosión fue muy intensa y la emisión de polvo oscureció la atmósfera lo suficiente como para que el hecho fuera observado en China. El enfriamiento del tiempo ha quedado registrado en anillos de los árboles incluso en Canadá. En Egipto, jeroglíficos datados de ese periodo muestran que la nube lo asoló; un escriba egipcio escribió: El sol se ha ocultado, nadie se ve la sombra, las cosechas han muerto, ahora debemos sobrevivir. Este fenómeno duró nueve días en Egipto, medio día en China y se estima que una hora en la Antártida.

Durante los últimos tiempos, Santorini se ha convertido en una parte tranquila de Grecia, donde los residentes se dedican a la pesca, agricultura, vinicultura y producción de queso. La industria principal de Santorini es el turismo y miles de personas visitan la isla cada año.